板藍根，單方應用即具清熱涼血之效，此功效自古即被醫家所重視。其作用機理，可從古代醫籍中窺見一斑。

《神農本草經》雖未直接提及板藍根的清熱涼血功效，但其將板藍根列入藥材，已奠定其藥用價值之基礎。後世醫家在此基礎上，進一步闡明其療效。

《本草圖經》中記載：「馬藍，連根採之，焙搗下篩，酒服錢匕，治婦人敗血甚佳。」此處所述的馬藍，即為板藍根的別名。此記載清晰地指出板藍根可用於治療婦女因血熱瘀滯所引起的敗血癥。敗血癥的產生，往往伴隨著體內熱毒的積聚，因此，此記載從側面印證了板藍根具有清熱涼血的功效。所謂「敗血」，現代醫學多理解為感染性疾病導致的全身性炎症反應。古代醫家將其歸因於血熱，而板藍根的應用，則說明其能有效清除體內熱毒，從而改善敗血癥狀。

「焙搗下篩，酒服」，則說明古人已懂得通過炮製方法來提升板藍根的療效，並選擇適當的服用方式，以更好地發揮其藥性。 酒作為藥引，有助於藥物更好地吸收和發揮作用。 由此可見，古人對板藍根的藥用價值及其使用方法已有一定的認識，也為後世研究其清熱涼血功效提供了重要的參考依據。 單純的板藍根單方應用，其清熱涼血的作用雖不及複方應用顯著，但仍在其臨牀應用中佔有一席之地，尤其針對輕症熱毒。

板藍根具有廣譜抗菌作用。板藍根煎劑、丙酮提取物、注射液對多種G+菌和G-菌均有抑制作用。

板藍根對金黃色葡萄球菌、甲型鏈球菌、肺炎雙球菌、腦膜炎雙球菌、卡他球菌、淋球菌、流感桿菌、大腸桿菌、痢疾桿菌、銅綠假單胞菌、白喉桿菌等常見致病菌均有不同程度體外抑制作用，並對耐藥葡萄球菌仍有效。

板藍根抗病毒作用確切。體內體外實驗證明，板藍根水提物、醇提物、總生物鹼對流感病毒、肝炎病毒、單純皰疹病毒、乙型腦炎病毒、腮腺炎病毒、禽流感病毒、柯薩奇病毒均有一定抑制作用。

板藍根在抗SARS時，發揮不錯的效果，因此從此成為熱門中藥。