1五臟別論
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帝曰：氣口何以獨為五臟主？（按：氣口，寸關尺之總名。所以診脈而知臟腑之病者，謂臟腑有病，何以必診於脈而知也。）岐伯曰：胃者水穀之海，六腑之大源也。（人有四海，水穀之海則其一也。受水穀已，榮養四旁，以其當運化之源，故為六腑之大源也。）五味入口，藏於胃以養五臟氣，氣口亦太陰也。
（按：胃之所以為六腑之大源者，以五臟之氣，皆借之以養也。胃為足太陰之腑，氣口乃手太陰之經。飲食入胃而能運化為氣者脾也，氣充於五臟而使之著見於氣口者則是肺，故云亦太陰也。）是以五臟六腑之氣味，皆出於胃，變見於氣口。（按：全元起本，出作入，謬矣。
蓋人得飲食之味以為養，而後臟腑之氣充，是五臟六腑之氣味，皆從胃出也。若作入解，是仍言五味矣。然養臟腑之氣者，胃也。而驗臟腑之氣者，氣口也。有變必見，故曰變見。見，去聲。）故五氣入鼻，藏於心肺，心肺有病而鼻為之不利也……。（按：亦外候之一端也。
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拘於鬼神者，不可與言至德；（按：醫道精微，是為至德，既惑於邪，言必不信。）惡於針石者，不可與言至巧；（惡於針石則巧不能施。）病不許治者，病必不治，治之無功矣。（心不許人治之，是其必死，強為治者，功亦不成。按：不許治，非不令人治也，如病本深而責效速，不知醫而妄自用，及縱欲恣食，不遵教戒，皆不許治之類也。如是之人，強與之治，亦必無功，至哉先聖，為戒深矣。
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五臟別論
黃帝問：「為什麼單憑氣口（脈診部位）就能判斷五臟的狀況？」
岐伯回答：「胃是容納水穀的海洋，也是六腑運化的根本來源。飲食進入體內後，由胃儲存並滋養五臟之氣，而氣口同樣屬於太陰經的範疇。因此，五臟六腑的氣血狀態，皆源自於胃的功能，最終反映在氣口的脈象變化上。」
「當自然界的五氣（如風寒暑濕燥）通過鼻腔進入體內，會影響心肺功能；若心肺失調，便可能導致鼻塞等症狀……。」
「迷信鬼神的人，無法與他們談論醫學的深奧道理；厭惡針灸治療的人，也難以向其說明醫術的精妙。若病人本身抗拒治療，疾病必然難以痊癒，強行醫治也徒勞無功。（例如：病情嚴重卻急求速效、不懂醫理卻胡亂用藥、放縱慾望飲食而不遵醫囑，這些都等同於拒絕治療。）」
2經脈別論
陰陽五臟既有別論，而此篇亦以別論命名，蓋以篇中所載，皆於正經正脈之外，旁搜其義，如喘汗各有所發之經，食飲入胃，五臟資之以為養等義，有正有奇，經脈之理始備，能經能權，治療之法乃全也。
黃帝問曰：人之居處動靜勇怯，脈亦為之變乎？岐伯對曰：凡人之驚恐恚勞動靜，皆為變也。（變謂變易常候。按：恚，心怒也。）是以夜行則喘出於腎，（腎主於夜，氣合幽冥，故夜行則喘息內從腎出也。）淫氣病肺。（按：淫者溢也，謂病之餘氣也。勞腎腎虛，病必及肺，子令母虛也。
）有所墮恐，喘出於肝，（恐生於肝，墮損筋血，因而奔喘，故出於肝也。）淫氣害脾。（按：諸經凡虛則皆見侮於所不勝，惟肝虛則氣有所激而反能乘其所勝。古人謂肝不宜補，良有以也。）有所驚恐，喘出於肺，（驚則心無倚，神無所歸，氣亂胸中，故喘出於肺也。）淫氣傷心。
（按：心主神明，驚恐則氣上奔肺，神明亂而心反為之傷矣。）度水跌僕，喘出於腎與骨。（跌謂足跌，僕謂身倒也。按：水濕則病腎，跌僕則傷骨，故均令為之喘也。）當是之時，勇者氣行則已，怯者則著而為病也……。（評熱論曰：「邪之所湊，其氣必虛。」固如是也。
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故飲食飽甚，汗出於胃。（飽甚胃滿故也。）驚而奪精，汗出於心。（按：變出意外，心不及持，故精氣奪而汗出也。）持重遠行，汗出於腎。（按：腎主骨，骨勁乃能持重。若所持既重而行又遠，則骨憊腎虛，氣外泄而為汗矣。）疾走恐懼，汗出於肝。（按：肝主筋，腎主恐懼，走疾則筋傷，恐懼則氣餒，肝外泄而為汗矣。
恐者慮患之將來，懼則畏縮而不前也。）搖體勞苦，汗出於脾。（按：勞倦傷脾故也。）故春秋冬夏，四時陰陽，生病起於過用，此為常也。（五臟受氣，蓋有常分。用而過耗，是以病生。按：過用謂不量力而勉強也。）
食氣入胃，散精於肝，淫氣於筋。（按：此言食之養人，其氣流行於臟腑，變化精微而成脈也，食既入胃，脾為之運，糟粕下行，而其精華則先散布於肝經，以肝為春木，主生髮之令故也。肝主筋，肝得食氣以為養，則厭飫之餘，自當淫溢而及於筋矣。病氣為淫，食之精氣亦以淫言者，皆指其餘而稱也。
）食氣入胃，濁氣歸心，淫精於脈。（按：食之所化，有清有濁；清化氣，氣無形而行五臟，必借肝以散布，故肝言散精也；濁化血，血有質，心得食氣以為養，而血始生焉，故云濁氣歸心也。然心之合，脈也。心惟得食之濁氣以生血，而後血乃灌注於一身而成脈，是脈之精華，又實心所淫溢而成也。
此脈字指周身脈絡，下漸說到寸關尺上。）脈氣流經，經氣歸於肺，肺朝百脈，輸精於皮毛。（按：經，經絡也。言血之精華，既化而為脈，而脈已有氣，流行於十二經絡之中，總上歸於肺。肺為華蓋，貫通諸臟，為百脈之大要會，故云朝百脈也。然肺之合，皮毛也。既周身之血脈，皆上朝於肺，於是肺聚血脈之精華，外輸於所合，血氣盛者皮毛潤澤，虛者自枯槁也。）毛脈合精，行氣於府。
《經脈別論》：
陰陽五臟已有專篇論述，此篇命名為"別論"，是因為內容主要從正經正脈之外補充相關理論。例如喘息、出汗各有對應的經脈來源，飲食入胃後滋養五臟等觀點，既有正統理論又有獨特見解，經脈學說才更完備；既能遵循常規又能靈活變通，治療方法才更全面。
- 涉水跌倒時喘息源於腎與骨（水濕傷腎，跌僕傷骨）。此時勇者氣機通暢可自愈，怯者邪留成病。（《評熱論》說："邪氣聚集處，正氣必虛"正是此理。）
不同情況下出汗的根源：
- 過飽出汗在胃（胃滿所致）；
- 驚駭失神出汗在心（突發驚嚇使心神失守）；
- 負重遠行出汗在腎（腎主骨，過勞傷腎）；
- 奔跑恐懼出汗在肝（肝主筋，恐懼傷肝）；
- 體力勞累出汗在脾（勞倦傷脾）。 因此四季陰陽變化中，疾病多因過度消耗而起，這是普遍規律。（五臟承受能力有限，過度耗用必致病。"過用"指超負荷勉強。）
飲食消化吸收過程：
- 食入胃後，精微散布於肝，滋養筋脈。（肝主生發，首得營養；肝主筋，故余氣潤筋。此處"淫氣"指富余的精微物質。）
- 食入胃後，稠厚物質入心，化生血液輸注經脈。（飲食分清氣與濁氣：清氣化無形之氣需肝散布；濁氣化有形之血由心生發。心主血脈，故血成脈。此處"脈"指全身血管網絡。）
- 脈氣運行經絡，最終歸聚於肺。肺統匯百脈，將精華輸布皮毛。（經絡是氣血通道。肺居高位，總攬各臟氣血，故稱"朝百脈"。肺主皮毛，氣血盛衰顯於皮毛潤枯。）
- 皮毛與血脈精華相合，氣機歸於六腑。（完成營養輸送循環。）