1卷一
2運氣（上）
3太極圖論
太虛者，太極也，太極本無極，故曰太虛。天元紀大論曰：太虛廖廓，肇基化元。此之謂也。
太極者，天地萬物之始也。太始天元冊文曰：太虛廖廓，肇基化元。老子曰：無名天地之始，有名天地之母。孔子曰：易有太極，是生兩儀。邵子曰：若論先天一事無，後天方要著工夫。由是觀之，則太虛之初，廓然無象，自無而有，生化肇焉，化生於一，是名太極，太極動靜而陰陽分。故天地只此動靜，動靜便是陰陽，陰陽便是太極，此外更無餘事。
朱子曰：太極分開，只是兩個陰陽，陰氣流行則為陽，陽氣凝聚則為陰，消長進退，千變萬化，做出天地間無限事來，以故無往而非陰陽，亦無往而非太極。夫太極者，理而已矣。朱子曰：象數未形理已具。又曰：未有天地之先，畢竟先有此理。先儒曰：天下無理外之氣，亦無氣外之理。
故理不可以離氣，氣不可以外理，理在氣亦在，氣行理亦行。夫既有此氣，則不能無清濁而兩儀以判；既有清濁，則不能無老少而四象以分。故清陽為天，濁陰為地，動靜有機，陰陽有變。由此而五行分焉，氣候行焉，神鬼靈焉，方隅位焉。河洛布生成之定數，卦氣存奇偶之化幾。
有死有生，造化之流行不息；有升有降，氣運之消長無端。體象有常者可知，變化無窮者莫測。因而大以成大，小以成小，大之而立天地，小之而悉秋毫，渾然太極之理，無乎不在。所以萬物之氣皆天地，合之而為一天地；天地之氣即五物，散之而為萬天地。故不知一，不足以知萬；不知萬，不足以言醫。
理氣陰陽之學，實醫道開卷第一義，學者首當究心焉。
《太極圖論》：
所謂太虛，就是太極。太極本源於無極，因此稱為太虛。《天元紀大論》說：浩瀚無邊的太虛，是萬物化生的根基。就是這個意思。
太極是天地萬物的起源。《太始天元冊》記載：廣闊無垠的太虛，開創了萬物的本元。老子說：無名的狀態是天地的起始，有名的狀態是孕育萬物的母體。孔子說：易經中有太極，由此生出陰陽兩儀。邵雍說：若論先天境界本無一物，後天世界才需下功夫。由此可見，太虛初始時空寂無相，從無到有，生化由此開始。萬物化生源於"一"，這個"一"就叫太極。太極通過動靜分化出陰陽。所以天地就是這動靜變化，動靜就是陰陽，陰陽就是太極，除此之外別無他物。
朱熹說：太極分開就是陰陽二氣。陰氣流動就成為陽，陽氣凝聚就成為陰。陰陽消長進退，千變萬化，造就天地間無數事物。因此無處不是陰陽，也無處不是太極。太極的本質就是理。朱熹說：在象數形成之前，理已經存在。又說：在天地形成之前，必然先有此理。先儒說：天下沒有離開氣的理，也沒有離開理的氣。
所以理不能脫離氣，氣也不能背離理。理在氣就在，氣行理就行。既然有氣，就必然有清濁之分而形成陰陽兩儀；有清濁，就必然有盛衰之別而分出四象。清陽上升為天，濁陰下降為地。動靜有其規律，陰陽有其變化。由此分化出五行，運行出氣候，顯現出神靈，確定出方位。河圖洛書展示生成的定數，卦氣蘊含奇偶的變化。
有死有生，是造化的永恆運行；有升有降，是氣運的無窮消長。固定不變的形態可以認知，無窮盡的變化難以預測。因此大的成就大，小的成就小，大到創立天地，小到洞察秋毫，渾然一體的太極之理無處不在。所以說萬物的氣都來自天地，聚合起來就是一個天地；天地的氣就是五行，分散開來就形成無數天地。所以不懂"一"的道理，就不能理解萬物；不瞭解萬物，就不能談論醫學。
理氣陰陽的學問，實在是醫學入門的第一要義，學醫之人首先應當用心研究。
4陰陽體象
陰陽應象大論曰：陰陽者，天地之道也，五物之紀綱，變化之父母，生殺之本始，神明之府也。
體象之道，自無而有者也。無者先天之氣，有者後天之形。邵子曰：天依形，地附氣；氣以造形，形以寓氣。是以開物者為先天，成物者為後天；無極而太極者先天，太極而陰陽者後天；數之生者先天，數之成者後天；無聲無臭者先天，有體有象者後天。先天者太極之一氣，後天者兩儀之陰陽，陰陽分而天地立，是為體象之祖，而物之最大者也。由兩儀而四象，由四象而五行。
程子曰：四象者，陰陽剛柔也。陰陽生天，剛柔生地。朱子曰：天之四象，日月星辰是也；地之四象，水火土石是也。邵子曰：天生於動，地生於靜。動之始則陽生，動之極則陰生；靜之始則柔生，靜之極則剛生。陰陽之中，又有陰陽，故有太陰太陽，少陰少陽；剛柔之中，又有剛柔，故有太剛太柔，少剛少柔。
太陽為日，太陰為月，少陽為星，少陰為辰，日月星辰交而天體盡；太柔為水，太剛為火，少柔為土，少剛為石，水火土石交而地體盡。又曰：物之大者，莫若天地。天之大，陰陽盡之；地之大，剛柔盡之。陰陽盡而四時成，剛柔盡而四維成。四象既分，五行以出，而為水火木金土。
五行之中，復有五行，陰根於陽，陽根於陰，陰陽相合，萬象乃生。本乎陽者親上，本乎陰者親下。在天為風雲雷雨，在地為河海山川，在方隅為東南西北，在氣候為春夏秋冬。東有應木之蒼龍，西有屬金之白虎。南方赤鳥，得火氣而飛昇；北陸玄龜，得水性而潛地。人稟三才之中氣，為萬物之最靈，目能收萬物之色，耳能收萬物之聲，鼻能收萬物之氣，口能收萬物之味。故二五之氣，無乎不具；萬有之技，無乎不能。
天之四象，人有耳目口鼻以應之；地之四象，人有氣血骨肉以應之。三百六十骨節，以應周天之度數；一萬三千五百息，以通晝夜之潮汐。故邵子曰：頭圓象天，足方履地，面南背北，左東右西，直立兩間之中，正居子午之位。又曰：天有四時，地有四方，人有四肢。指節可以觀天，掌文可以察地。
得氣之清而正者，為聖為賢；得氣之偏而濁者，為愚為不肖。近東南者多柔而仁，近西北者多剛而義，夷狄亦人而暴悍無札，以地有偏正，氣有純駁，稟賦所使，不期而然。故左氏以民之善惡，本乎六氣，謂陽稟多者剛而烈，陰稟多者懦而柔，躁戾者陽中之惡，狡險者陰中之乖。
是以水性主動而偏則流，火性主急而偏則烈，木性多和而偏則柔，金性多剛而偏則狠，土性多靜而偏則愚。至若禽獸草木，動植飛潛，無情有性，莫不皆然。禽獸橫生，草木倒生，橫生者首東尾西，倒生者枝天根地，亦皆有五氣之殊，四方之異。以動者而言，得木氣則角而仁柔，得金氣則齒而剛利，火性者飛而親上，水性者潛而就下，土性者靜而喜藏。西北之蟲，鱗甲而多蟄；東南之蟲，羽毛而常騰。
《陰陽體象》
陰陽是天地運行的法則，萬物變化的綱領，生滅的根本，也是神明顯現的所在。
體象的道理，是從無形到有形的過程。無形的是先天的氣，有形的是後天的形。邵雍說：天依附於形，地依附於氣；氣造就形體，形體承載氣。因此，開創萬物的是先天，成就萬物的是後天；無極到太極是先天，太極分化陰陽是後天；數的生成是先天，數的完成是後天；無聲無息的是先天，有形有象的是後天。先天是太極的一氣，後天是陰陽兩儀，陰陽分開後天地確立，這就是體象的根源，也是萬物中最宏大的存在。由陰陽兩儀生出四象，再由四象生出五行。
程頤說：四象就是陰陽剛柔。陰陽形成天，剛柔形成地。朱熹說：天的四象是日月星辰，地的四象是水火土石。邵雍說：天生於動，地生於靜。動的開始是陽生，動的極致是陰生；靜的開始是柔生，靜的極致是剛生。陰陽之中又有陰陽，所以有太陰、太陽、少陰、少陽；剛柔之中又有剛柔，所以有太剛、太柔、少剛、少柔。
太陽是日，太陰是月，少陽是星，少陰是辰，日月星辰交互作用，天體的規律就完備了；太柔是水，太剛是火，少柔是土，少剛是石，水火土石交互作用，大地的規律就完備了。又說：萬物之中最大的莫過於天地。天的廣大由陰陽概括，地的廣大由剛柔概括。陰陽運行形成四季，剛柔變化形成四方。四象確立後，五行隨之產生，即水火木金土。
五行之中又包含五行，陰根植於陽，陽根植於陰，陰陽相合，萬象由此而生。本於陽的事物傾向於上升，本於陰的事物傾向於下降。在天表現為風雲雷雨，在地表現為河海山川，在方位上為東南西北，在氣候上為春夏秋冬。東方有象徵木的蒼龍，西方有象徵金的白虎。南方的赤鳥因火氣而飛升，北方的玄龜因水性而潛藏。人稟受天地人三才的中和之氣，是萬物中最靈慧的，眼睛能觀察萬物的色彩，耳朵能聆聽萬物的聲音，鼻子能感知萬物的氣息，口能品嘗萬物的滋味。因此，陰陽五行的氣無所不包，萬物的能力無所不能。
天的四象，人有耳目口鼻與之相應；地的四象，人有氣血骨肉與之相應。三百六十個骨節對應周天的度數，一萬三千五百次呼吸對應晝夜的潮汐。所以邵雍說：頭圓象徵天，足方踏於地，面朝南背朝北，左手為東右手為西，直立天地之間，正位於子午方位。又說：天有四時，地有四方，人有四肢。手指關節可以觀察天象，手掌紋路可以察知地理。
稟受清明純正之氣的人，成為聖賢；稟受偏濁之氣的人，成為愚昧不善之人。靠近東南的人多溫和仁厚，靠近西北的人多剛強正直，夷狄也是人但暴悍無禮，因為地域有偏正，氣有純雜，是稟賦所致，自然而然。所以《左傳》認為人的善惡源於六氣，陽氣多的人剛烈，陰氣多的人懦弱，暴躁乖戾是陽中的惡，狡詐陰險是陰中的邪。
因此，水性主動但偏則流動無常，火性主急但偏則猛烈失控，木性多和但偏則柔弱無骨，金性多剛但偏則凶狠無情，土性多靜但偏則愚鈍不化。至於禽獸草木，飛潛動植，雖無情感但有本性，無不如此。禽獸橫生，草木倒生，橫生的頭東尾西，倒生的枝朝天根扎地，也都有五氣的差異，四方的不同。就動物而言，得木氣的長角而溫順，得金氣的長齒而剛利，火性的飛升向上，水性的潛藏向下，土性的安靜喜藏。西北的蟲類有鱗甲且多冬眠，東南的蟲類有羽毛且常飛翔。