1卷之下
膽者謂青（肝色）腸，胃者謂黃（脾色）腸，膀胱者謂黑（腎色）腸，下焦之所治也。
此節採摘素問十二官論中六腑之職掌，以設難；而其所主，專在清淨二字。何者？素問既云膽者中正之腑，此難乃謂清靜之腑。審其所以為問答之意，則六腑皆可以為清淨之處。然舉各腑所掌言，一腑猶無兩名；而清淨之名，專歸諸膽，則十一臟取決於膽之謂邪？然則清淨之名，諸腑之所稟，而非獨膽也。然寓諸膽者，蓋有深意存焉。竊考六腑皆水穀之道路，而胃病則腸虛，腸滿則胃虛；其所常有者，唯谷與糟粕耳。何清淨之有？故膽獨統之，豈非諸腑取決於膽乎？是故不受水穀之濁穢，而盛清汁也，可以見已。小腸謂赤腸云云一節，實是古言。何以知之？五腑皆以腸名，故云爾。下焦之所治也一句，滑注以屬膀胱，非是。蓋自胃而下，皆以為下焦所治，故屬諸腑為可。
（第三十七舊三十八）難曰：臟唯有五，腑獨有六者，何也？然。所以腑有六者，謂三焦也；有原氣之別（使）焉，主持諸氣，有名而無形；其經屬手少陰，此外腑（靈樞言孤腑同）也。故言腑有六焉。
按腑臟止有五者，五行之道為然；二五合為十者，生成之數是備；演而為六者，乃是六氣之應；配為十二，則支律之對，皆合天地自然之符焉。蓋三焦者，雖非正腑，然諸腑非藉其氣，則不能以為出納運化之用焉。唯其非正腑，故薰蒸肓膜之內，遊行腑臟之間，宛如外郭然，故謂外腑。靈樞謂之孤腑，亦與此義同。滑注三焦外有經而內無形，故曰外腑，非是。舊本第二十五篇，謂三焦心包，相為表裡；此篇則謂原氣之別焉者。彼以心包三焦為相火臟腑配合而言，此乃以命門三焦為本末而言；其義各異。此與下篇互相為義，順連讀。
（第三十八舊三十九）難曰：經言腑有五，臟有六者，何也？然。六腑者，正（張本作止）有五腑也。（除去三焦）五臟亦有六臟者，謂腎有兩臟也。其左為腎，右為命門；命門者，精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞；其氣與腎通。（前篇有原氣所繫一句而無此句義互相發）故曰臟有六也。
腑有五者，何也？然五臟各一腑。（有形）三焦亦是一腑。（無形）然不屬於五臟。（獨屬心包亦無形）故言腑有五焉。
按五行之氣，唯大有二，君相是也。內經分心與包絡以為六臟；此篇則以腎有兩枚，岐為二臟，左腎與命門是也。後人誤認此難，遂為三焦命門表裡之說。余謂三焦既配心包以為表裡，已見第二十五難；此則示命門三焦有本末之理，兼發內經未發之旨。何者？五臟中唯心與腎抗對，無有軒輊；心包為二，則腎亦有此象，豈唯臟有兩形乎？蓋以陰中有陽，故乃有為二臟理。命門之義，詳見第三十四篇。
《卷之下》
膽稱為青腸（對應肝的顏色）。胃稱為黃腸（對應脾的顏色）。膀胱稱為黑腸（對應腎的顏色）。這些都是下焦所管理的。（一句總結）
此節選自《素問》十二官論中關於六腑功能的討論，並提出疑問。其重點在於「清淨」二字。為何？《素問》說膽是中正之腑，而此處卻稱其為清淨之腑。仔細推敲問答的用意，六腑皆可視為清淨之處，但若從各腑的職能來看，一腑不應有兩個名稱，而「清淨」之名專屬膽，是否意味著「十一臟取決於膽」？然而，「清淨」之名實為諸腑共同稟受，並非膽所獨有。但將此名歸於膽，實有深意。考察六腑皆為水穀運化的通道，胃病則腸虛，腸滿則胃虛，其中常存的只有食物與糟粕，何來清淨？因此，膽獨掌此名，豈非諸腑皆需依賴膽的決斷？由此可見，膽不受水穀濁穢，而盛裝清汁。小腸稱為赤腸等說法，實為古語，何以得知？因五腑皆以「腸」為名，故如此稱呼。「下焦之所治也」一句，滑壽注釋歸於膀胱，實則不確。應是從胃以下，皆為下焦所管理，故歸於諸腑較為合理。
（第三十七難，舊第三十八難）問：臟只有五，腑卻有六，為何？答：腑有六，是因包括三焦。三焦為原氣的通道，主持諸氣，有名而無形，其經脈屬手少陰，故稱「外腑」（《靈樞》稱「孤腑」同義），因此說腑有六。
按：腑臟原本只有五，符合五行之道；二五合為十，則生成之數完備；演變為六，是對應六氣；配為十二，則與地支律呂相合，皆符合天地自然之理。三焦雖非正腑，但諸腑若無其氣，則無法完成運化功能。正因其非正腑，故能遊走於肓膜之間，宛如外郭，故稱「外腑」。《靈樞》稱「孤腑」，意義相同。滑壽注釋認為三焦外有經而內無形，故稱「外腑」，此說不確。舊本第二十五篇說三焦與心包相表裡，此篇則說三焦為原氣的通道，前者以心包與三焦為相火臟腑的配合而言，後者以命門與三焦為本末關係而言，兩者意義不同。此篇與下篇互相補充，宜連讀。
（第三十八難，舊第三十九難）問：經文說腑有五、臟有六，為何？答：六腑實際只有五腑（除去三焦），五臟亦有六臟，因腎有兩臟，左為腎，右為命門。命門是精神的居所，男子藏精、女子繫胞，其氣與腎相通（前篇有「原氣所繫」一句，與此句互相發明），故說臟有六。腑為何有五？因五臟各配一腑（有形），三焦雖為一腑（無形），但不專屬五臟（僅屬心包，亦無形），故說腑有五。
按：五行之氣中，唯火有二，即君火與相火。《內經》將心與心包分為六臟，此篇則以腎有兩枚，分為左腎與命門兩臟。後人誤解此難，遂有三焦與命門表裡之說。我認為三焦既配心包為表裡（見第二十五難），此篇則說明命門與三焦的本末關係，同時闡發《內經》未盡之旨。五臟中，唯心與腎相對，無分高下；心包為二，腎亦有此象，豈僅臟有形體之分？實因陰中有陽，故有二臟之理。命門之義，詳見第三十四篇。