1三焦包絡命門辨
故脈經以腎臟之脈配兩尺，但當曰左尺主腎中之真陰，右尺主腎中之真陽。而命門為陽氣之根，故隨三焦相火之脈，同見於右尺則可；若謂左腎為腎，右腎為命門則不可也。雖然，若分而言之，則左屬水，右屬火，而命門當附於右尺；合而言之，則命門象極，為消長之樞紐，左主升而右主降，前主陰而後主陽。故水象外暗而內明，坎卦內奇而外偶。
腎兩者，坎外之偶也；命門一者，坎中之奇也。一以統兩，兩以包一。是命門總主乎兩腎，而兩腎皆屬於命門。故命門者，為水大之府，為陰陽之宅，為精氣之海，為死生之竇。若命門虧損，則五臟六腑皆失所恃，而陰陽病變無所不至。其為故也，正以天地發生之道，終始於下；萬物盛衰之理，盈虛在根。
故許學士獨知補腎，薛立齋每重命門，二賢高見，迥出常人，蓋得於王太僕所謂壯水之主，益火之原也。此誠性命之大本，醫不知此，尚何足云？故予為申明，用廣其義。即此篇前後諸論，雖多臆見，然悉揣經意，非敢妄言，凡我同心，幸為裁正。
《三焦包絡命門辨》：
《脈經》將腎臟的脈象配屬兩尺部（左右尺脈），應當說左尺脈主腎中的真陰，右尺脈主腎中的真陽。命門是陽氣的根本，所以與三焦相火的脈象一同顯現在右尺脈是合理的；但若認為左腎是腎臟、右腎是命門則不正確。分開來看，左屬水，右屬火，命門應當依附於右尺脈；整體而言，命門象徵太極，是陰陽消長的樞紐，左主升而右主降，前主陰而後主陽。因此水的特性外表暗而內裡明，如同坎卦內為陽爻而外為陰爻。
兩腎如同坎卦外層的兩個陰爻，命門則是坎卦中央的一個陽爻。一個陽爻統攝兩個陰爻，兩個陰爻包含一個陽爻。所以命門總體主導兩腎，而兩腎都歸屬於命門。命門是水火的根源、陰陽的居所、精氣的海洋、生死的門戶。若命門虧損，五臟六腑都會失去依靠，陰陽失調引發的病變將無所不至。這是因為天地萬物生長的規律，始終始於根本；萬物盛衰的道理，盈虧取決於根基。
因此許學士（許叔微）特別注重補腎，薛立齋（薛己）則常強調命門的重要性。這兩位賢者的見解遠超常人，正是領悟了王太僕（王冰）所說"壯水之主，益火之源"的真諦。這確實是生命的根本，醫者若不明白此理，還談什麼醫術？我在此闡明觀點以推廣其深意。本篇前後諸多論述雖多個人見解，但皆揣摩經典原意，不敢妄言，望同道之士指正。