南宋時期，中醫病因學的發展迎來了一個重要的里程碑，這便是由陳言所著的《三因極一病證方論》，又稱《三因方》。此書集當時醫學理論與臨床實踐之大成，創新性地以「三因」作為辨證論治的核心框架，對後世醫學產生了深遠影響。陳言在本書序中闡述了其著書的初衷與核心理念，強調醫事之要「無出三因」，而辨識病因之初則「無逾脈息」，這直接點出了本書兩大支柱：三因病因學說與脈診在辨識病因中的關鍵作用。
《三因極一病證方論》全書共十八卷，結構嚴謹，層次分明。卷一至卷二前半部為理論基礎篇，系統梳理了中醫學的核心概念，包括三因、六經、臟腑、經絡、氣血、陰陽與五行等，為理解後續的病證論治奠定基礎。卷二下半部至卷十八則是豐富的臨床實踐篇，涵蓋內科、外科、婦科、兒科等廣泛的病證，每類病證均詳細分析病因病機、臨床症狀，並列舉大量驗方，體現了陳言豐富的臨床經驗與對醫理的深入理解。
本書最為人稱道的學術貢獻在於其對三因病因學說的系統闡釋與應用。在《黃帝內經》中，已有關於外邪、內傷、以及飲食、居處等不內外因致病的論述，但陳言首次將其明確地劃分為「內因」、「外因」和「不內外因」這三大類，並將其作為統領疾病分類和辨證論治的綱領。他認為，所有疾病的發生，無外乎這三種原因，只要能夠準確辨識病因，疾病的診斷與治療便可迎刃而解，故稱「儻識三因，病無餘蘊」。這種將複雜多樣的疾病統一歸結於三大類病因的思路，極大地簡化了疾病的認識框架，使醫者能夠更清晰地把握疾病的本質。
陳言在序中也批判了當時一些醫書「不識時宜」、「詮次混淆」、「附會雜揉」、「古文簡脫，章旨不明」、「俗書無經，性理乖誤」的弊病，認為這些問題導致「庸輩妄用，無驗有傷」。這表明他著書的另一個重要目的是為了「削繁蕪，知樞要」，旨在提供一本清晰、實用、有據可依的醫學著作，幫助學醫者和臨證醫家掌握辨證要領，避免誤診誤治。他希望通過此書，「開古賢之蹊徑，為進學之帡幪」，使後學者能夠循序漸進，最終達到「見月忘指」（掌握實質，超越形式）的境界。
在理論基礎篇中，陳言特別強調脈診的重要性。他認為脈診是辨識病因的起始環節，「辨因之初，無逾脈息」。他繼承並發揚了《脈經》中關於人迎與氣口的理論，將人迎（左手關前一分）候外因、氣口（右手關前一分）候內因的觀點，直接與三因學說掛鉤。他指出，若脈象異常體現在人迎或氣口，便可初步判斷病因屬外因或內因；而那些人迎、氣口脈象無異常，但有病證表現的，則歸屬於不內外因。這種將脈象變化與具體病因類型直接對應的方法，為臨床快速辨識病因提供了便捷的途徑。
在「學診例」和「總論脈式」中，陳言詳細闡述了診脈的方法和要點。他強調診脈前需調和自身氣息，診察時要「以我醫彼，智與神會」。他區分了「脈」與「息」的概念（脈為血、息為氣），指出脈動受氣的驅動。他要求醫者首先掌握五臟六經的「本脈」，然後才能辨識病脈。對於複雜的脈象，他提出了二十四種名狀（七表、八里、九道），並指出雖然名狀繁多，證候各異，但其根本仍需結合人迎、氣口以及三部（寸、關、尺）來推斷所傷的經絡臟腑，進而確定病機。
尤為精妙的是，陳言在總論脈式中，將二十四種脈象歸結為四種基本脈象（浮、沉、遲、數），並將其與外因的風、濕、寒、熱以及內因的虛、實、冷、燥相聯繫。他明確指出「浮為風為虛，沉為濕為實，遲為寒為冷，數為熱為燥」，並且將風濕寒熱歸屬於外，虛實冷燥歸屬於內。這種簡潔明了的歸納，再次強化了脈診與三因病因的直接聯繫，為臨床依據脈象判斷病因提供了實用的指導。
除了脈診，陳言也強調了其他診法的重要性。他引用《經》文，指出診病需要「視精明」、「察五色」、「觀五臟有餘不足，六腑強弱，形之盛衰」，並能「參決死生之分」。他解釋了這些診法的臨床意義，如視精明反映五臟精氣，察五色反映臟腑氣血的盛衰變化及吉凶，觀五聲反映臟腑之氣的強弱與神明的狀態，候形體反映六腑及筋骨精髓的狀況。他認為，雖然脈診精微難辨，但這些證狀（指望、聞、問、切中的非脈診部分）相對容易辨識，醫者應當兼明各種診法，互相參證，才能全面準確地認識疾病。這體現了陳言診法思想的全面性與實用性，並不拘泥於單一的診斷方法。
在理論篇的末尾，《三部分位》和《六經所屬》章節則詳細闡述了寸口診法的具體位置和左右手寸關尺各對應的臟腑經絡。這部分內容是脈診的基礎，陳言在此詳細列出十二經脈的循行路線，旨在幫助醫者結合脈象異常出現的位置，準確判斷病變發生在哪個臟腑或經絡，進一步鎖定病因病機。值得注意的是，在《六經所屬》中，陳言將右手尺部對應於「右腎」和「手厥陰（心包）經」，並與三焦經相合，這與後世一些醫家將右手尺部全權歸於腎（或命門）的論述有所不同，體現了本書的特色和當時醫學認識的多樣性。
《三因極一病證方論》的第二大部分（卷二下半部至卷十八）是本書的主體，也是其臨床價值所在。陳言將疾病按照三因進行大類劃分（儘管在具體章節編排上可能仍會結合臟腑、經絡或病性），在每一病證下，先闡述其病因病機，再描述臨床表現，最後列出多個相應的治療方劑。這種結構清晰、條理分明的編排方式，對於臨證醫家而言極為實用，可以迅速根據患者的症狀和判斷的病因找到相應的治療思路和方藥。本書收錄了大量方劑，既有經典名方，也有陳言自創或輯錄的驗方，這些方劑來源廣泛，療效可靠，是重要的中醫方劑學資源。
總而言之，《三因極一病證方論》是南宋時期一部具有開創性意義的中醫學巨著。陳言以三因學說為核心，構建了一個系統完整的病因、病證、方藥體系。他將複雜多樣的疾病根源歸納為內因、外因、不內外因三大類，並將脈診（特別是人迎、氣口）作為辨識病因的首要手段，同時強調結合其他診法進行全面判斷。本書不僅在理論上深化了對疾病病因的認識，更在臨床上提供了豐富的辨證論治思路和實用方劑。其清晰的結構和詳細的內容，使其成為一部極具價值的臨床指導用書。
《三因極一病證方論》對後世醫學產生了深遠影響。它確立了三因辨證作為中醫辨證論治的重要方法之一，許多後世醫家，如明代張景岳、清代吳鞠通等，均深受其啟發，並在各自的學說中繼承和發展了三因理論。張景岳在《景岳全書》中雖然對三因劃分有所調整（將不內外因歸入內外因或另立傷寒、雜病等），但其對病因的重視及分類思想顯然吸收了三因學說的精髓。吳鞠通在《溫病條辨》中對溫病的研究，雖以衛氣營血、三焦辨證為主，但在論述外感病邪的性質時，也 implicitly 體現了對外因（特別是溫熱邪氣）的深入認識。
除了病因學和臨床學的價值，本書也是研究中醫學發展史的重要文獻。其流傳版本多樣，從宋刻本到後來的元、清刊本及現代排印本，反映了其在歷史上的受重視程度。通過研究不同版本，可以了解醫學知識的傳承與演變。
總而言之，《三因極一病證方論》是一部集大成的著作，它系統性地闡述了三因病因學說，將脈診與病因辨識緊密結合，並提供了豐富的臨床經驗和治療方劑。它不僅是中醫病因學發展史上的重要里程碑，也是一部至今仍對臨床實踐具有指導意義的經典著作，展現了南宋時期中醫學的傑出成就。