1卷下
五臟不和，則九竅不通，（不通，謂氣不得上達而失其官也。）六腑不和，則留結為癰。（五臟神氣之所舍，故不和則止九竅不通而已，六腑則血氣滓穢之所出入，故不和則有形之物積聚而為癰也。）邪在六腑，則陽脈不和，（陽脈，手足三陽之脈也。）陽脈不和，則氣留之，氣留之，則陽脈盛矣。
（氣屬陽故也。）邪在五臟，則陰脈不和，陰脈不和，則血留之，血留之，則陰脈盛矣。（血屬陰故也。不和者，其邪在內，盛則脈之見乎外者也。）
陰氣太盛，則陽氣不得相營也，故曰格。陽氣太盛，則陰氣不得相營也，故曰關，陰陽俱盛，不得相營也，故曰關格。（營，和澤也。關者，閉絕之義。格者，捍拒之義。）關格者，不得盡其命而死矣。（言陰陽之氣相睽，雖元氣未盡，亦必至死，不能盡其天年也。）
經言氣獨行於五臟，不營於六腑者，何也？
然：夫氣之所行也，如水之流，不得息也。故陰脈營於五臟，陽脈營於六腑，如環無端，莫知其紀，終而復始，而不覆溢，（言不至過盛而溢於經脈之外也。）人氣內溫於臟腑，外濡於腠理。（濡，潤也。腠理，肌膚毛孔分理湊合處也。）
三十八難曰：臟惟有五，腑獨有六者，何也？
然：所謂腑有六者，謂三焦也。有原氣之別焉，（即六十六難所謂「原氣之別使也。」）主持諸氣，有名而無形，其經屬手少陽。此外腑也，（言在諸腑之外，故曰外腑。）
三十九難曰：經言腑有五，臟有六者，何也？（經文無考）
然：六腑者，止有五腑也。（謂三焦不附於臟，故不名為腑，如上條所云也。）五臟亦有六臟者，謂腎有兩臟也。其左為腎，右為命門。命門者，謂（一本無謂字）精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通，故言臟有六也。（言命門氣雖通於腎，而實則非腎，故不得與腎同為一臟也。）腑有五者，何也？
然：五臟各一腑，三焦亦是一腑，然不屬於五臟，故言腑有五焉。（腑者對臟而言，既不附於臟，則亦不名為腑也。命門辨說詳見三十六難條下。）
四十難曰：經言肝主色，心主臭，脾主味，肺主聲，腎主液。
然：肺者，西方金也，金生於巳，巳者南方火，火者心，心主臭，故令鼻知香臭；腎者，北方水也，水生於申，申者西方金，金者肺，肺主聲，故令耳聞聲。（此以五行長生之法推之也。木長生於亥，火長生於寅，金長生於巳，水土長生於申，以其相生，故互相為用也。）
四十一難曰：肝獨有兩葉，以何應也？（何應，謂其義何所應也。）
四十二難曰：人腸胃長短，受水穀多少，各幾何？
然：胃大一尺五寸，徑五寸，（大，言其四圍，徑，言其口之廣。凡圓形者，徑一則圍三，故圍大一尺五寸，則徑五寸也。下文仿此。）長二尺六寸，橫屈受水穀三斗五升，（胃在腹中，其形盤曲而生，故曰橫屈。）其中常留谷二斗，水一斗五升。（留者，存於中不使出也。
卷下
五臟功能失調時，九竅就會不通暢。（不通指的是氣無法向上通達，導致器官失去正常功能。）六腑功能失調時，氣血會滯留凝結形成癰瘡。（五臟是神氣所在之處，因此功能失調時僅表現為九竅不通；六腑是血氣和代謝廢物進出的通道，因此功能失調時會有形物質積聚形成癰瘡。）
邪氣侵入六腑時，陽脈會失去調和。（陽脈指手足三陽經脈。）陽脈失調會導致氣滯留，氣滯留則陽脈會顯得旺盛。（因為氣屬陽的緣故。）邪氣侵入五臟時，陰脈會失去調和，陰脈失調會導致血滯留，血滯留則陰脈會顯得旺盛。（因為血屬陰的緣故。失調指的是邪氣在體內，旺盛則是脈象在外表現的狀態。）
陰氣過盛時，陽氣無法與之協調，稱為「格」。陽氣過盛時，陰氣無法與之協調，稱為「關」。陰陽兩氣都過盛且無法協調時，稱為「關格」。（「營」指和諧滋潤。「關」是閉塞阻絕的意思，「格」是抗拒排斥的意思。）出現關格時，人會無法活到自然壽命而早逝。（意思是陰陽之氣互相對立，即使元氣未完全耗盡，也會導致死亡，無法享盡天年。）
經典中提到「氣只在五臟運行，不滋養六腑」，這是為什麼呢？
答：氣的運行就像水流一樣，永不停息。因此，陰脈滋養五臟，陽脈滋養六腑，循環往復沒有盡頭，無法計算其規律，周而復始而不會過度滿溢。（意思是氣不會過盛而溢出經脈之外。）人體的氣在內溫養臟腑，在外滋潤腠理。（「濡」是滋潤的意思，「腠理」指皮膚毛孔和肌肉紋理的交接處。）
第三十八難問：臟只有五個，腑卻有六個，為什麼？
答：所謂六腑，包括三焦。三焦是原氣的別使（如第六十六難所說「原氣之別使」），主導諸氣，有名稱但無具體形態，其經脈屬於手少陽。這是「外腑」。（意思是三焦在諸腑之外，因此稱為外腑。）
第三十九難問：經典中提到「腑有五個，臟有六個」，這是為什麼？（經典中無明確記載）
答：六腑實際上只有五腑。（意思是三焦不依附於臟，因此不稱為腑，如上條所述。）五臟也有六臟的說法，是因為腎有兩個臟：左邊是腎，右邊是命門。命門是精神所在之處，男性藏精，女性維繫胞宮，其氣與腎相通，因此說臟有六個。（意思是命門的氣雖與腎相通，但實際上不是腎，因此不能與腎視為同一臟。）腑為什麼只有五個呢？
答：五臟各對應一腑，三焦也算一腑，但不屬於五臟，因此說腑有五個。（腑是相對於臟而言的，既然不依附於臟，也就不稱為腑。關於命門的詳細解釋見第三十六難。）
第四十難問：經典中提到「肝主色，心主臭，脾主味，肺主聲，腎主液」，這是為什麼？
答：肺屬西方金，金生於巳（南方火），火對應心，心主臭，因此鼻子能辨別香臭；腎屬北方水，水生於申（西方金），金對應肺，肺主聲，因此耳朵能聽見聲音。（這是用五行長生法推論的。木長生於亥，火長生於寅，金長生於巳，水土長生於申，因為相生，所以互相作用。）
第四十一難問：肝為什麼只有兩葉？（「何應」指其意義對應什麼？）
第四十二難問：人的腸胃長度、容納水穀的量各是多少？
答：胃的周長一尺五寸，直徑五寸，（「大」指周長，「徑」指開口寬度。圓形物體直徑為一時，周長為三，因此周長一尺五寸，直徑五寸。下文同理。）長二尺六寸，盤曲容納水穀三斗五升。（胃在腹中呈盤曲狀，因此稱「橫屈」。）其中通常留存食物二斗，水一斗五升。（「留」指存於胃中不排出。）