1卷下
）故居在下。（謂其位至下。）所以相去而遠也。（所司不同，所以經雖相合，而位則相遠也。）又諸腑皆陽也，清淨之處。今大腸、小腸、胃與膀胱，皆受不淨，其意何也？（謂陽宜清淨，而反受穢濁，獨不及膽者，膽無施受故也。）
然：諸腑者，謂是非也。（言諸腑雖屬陽，而非皆清淨之處也。）經言小腸者，受盛之腑也；（《素·靈蘭秘典》：「小腸者，受盛之官，化物出焉。」言受胃之物，化其渣滓也。）大腸者，傳瀉行道之腑也；（《素》：「大腸者，傳道之官，變化出焉。」）膽者，清淨之腑也；（《素》：「膽者，中正之官，決斷出焉。
」蓋膽無受無瀉，助肝以決謀慮而已，所以謂之清淨之腑也。）胃者，水穀之腑也；（《素》：「脾胃者，倉廩之官，五味出焉。」）膀胱者，津液之腑也。（《素》：「膀胱者，州都之官，津液藏焉。」此五臟之腑也。）一腑猶無兩名，故知非也。（言諸腑各有名，如上文所云，皆實指其受穢濁者也。
惟膽名為清淨，故不受穢濁，若余腑亦名清淨，則有兩名矣。）
小腸者，心之腑；大腸者，肺之腑；膽者，肝之腑，胃者，脾之腑；膀胱者，腎之腑。（《靈·本輸篇》云：「肺合大腸，……心合小腸，……肝合膽，……脾合胃，……腎合膀胱」，此之謂也。）小腸謂赤腸，大腸謂白腸，膽者謂青腸，胃者謂黃腸，膀胱者謂黑腸。（此以五行之色名其腸，以為配五臟之徵也。
蓋皆名為腸，則俱受穢濁，所以明不淨之故也。）下焦之（一本無之字）所治也。（《靈·營衛生會篇》云：「水穀者，嘗並居於胃中，成糟粕而俱下於大腸，而成下焦，滲而俱下，濟泌別汁，循下焦而滲入膀胱焉。」故五腑皆下焦之氣所治也。）
三十六難曰：臟各有一耳，腎獨有兩者，何也？（兩，謂左右各一也。）
然：腎兩者，非皆腎也。（謂一為腎，一則非腎也。）其左者為腎，右者為命門。命門者，諸神精之所舍，（舍，藏也。言一身之精神，皆藏於此也。）原氣之所繫也；（原氣，即元氣，言根柢乎此也。）男子以藏精，女子以系胞。（精，施化之具，胞，受孕之處，此乃性命之原，先天之所由主，故曰命門也。
）故知腎有一也。（其一為命門而非腎，則腎止有一耳。）
三十七難曰：五臟之氣，於何發起，通於何許，（發起，言其本之所出。通，言其氣之所注也。）可曉以不？
然：五臟者，當上關於九竅也。（竅皆在上，故曰上關，謂其氣與九竅通也。）故肺氣通於鼻，鼻和則知香臭矣；肝氣通於目，目和則知黑白矣；脾氣通於口，口和則知穀味矣；心氣通於舌，舌和則知五味矣；（舌主辨味，故和則能知五味。口主納穀，故和則能辨五穀。）腎氣通於耳，耳和則知五音矣。
卷下
五臟的位置在下（指其位置最低），因此彼此相隔較遠（因功能不同，經脈雖相連，但位置相距較遠）。此外，六腑皆屬陽，本應是清淨之處，但大腸、小腸、胃與膀胱卻都接受不潔之物，這是為什麼？（陽應清淨，卻反而容納穢濁，唯獨不提膽，是因膽無需接受或排出穢物。）
回答：所謂六腑，並非全都清淨。（意指六腑雖屬陽，但不全是清淨之處。）《內經》提到：小腸是「受盛之腑」（《素問·靈蘭秘典》：「小腸負責受納胃傳來的食物，並分化出糟粕」）；大腸是「傳導排泄之腑」（《素問》：「大腸負責傳送糟粕，使其變化排出」）；膽是「清淨之腑」（《素問》：「膽主決斷，無受納與排泄功能，僅協助肝進行謀慮，故稱清淨之腑」）；胃是「水穀之腑」（《素問》：「脾胃如倉庫，負責消化食物」）；膀胱是「津液之腑」（《素問》：「膀胱儲藏津液」）。這些是五臟對應的六腑。
每個腑只有一個名稱，不會有兩個（意指上述各腑各有明確功能，且多數接受穢濁，唯獨膽名為清淨，不受穢物，若其他腑也稱清淨，則會重複）。
小腸屬心，大腸屬肺，膽屬肝，胃屬脾，膀胱屬腎（《靈樞·本輸篇》：「肺與大腸相合……心與小腸相合……肝與膽相合……脾與胃相合……腎與膀胱相合」）。小腸稱「赤腸」，大腸稱「白腸」，膽稱「青腸」，胃稱「黃腸」，膀胱稱「黑腸」（以五行之色命名，對應五臟，且皆稱「腸」，表示它們都接受穢濁，說明不清淨的原因）。這些都是下焦所管轄（《靈樞·營衛生會篇》：「水穀進入胃後，糟粕傳至大腸，形成下焦，滲入膀胱」）。
三十六難問： 五臟各有一個，唯獨腎有兩個，為什麼？（「兩」指左右各一。）
回答：腎雖有兩個，但並非都是腎。左邊是腎，右邊是命門。命門是精神所藏之處（「捨」即儲藏，指全身精神皆藏於此），也是元氣的根本（「原氣」即元氣，根源於此）；男子藏精、女子繫胞（「精」是生育之根本，「胞」是受孕之處，為生命之源，先天之本，故稱命門）。因此，腎實際上只有一個（右邊是命門而非腎）。
三十七難問： 五臟之氣從何而生？又通達何處？能否說明？
回答：五臟之氣與頭面九竅相通（「上關」指氣與上竅相連）。肺氣通鼻，鼻功能正常則能辨香臭；肝氣通目，目功能正常則能辨黑白；脾氣通口，口功能正常則能辨穀味；心氣通舌，舌功能正常則能辨五味；腎氣通耳，耳功能正常則能辨五音。