1卷下
三十難曰：營氣之行，常與衛氣相隨不？（相隨，言相合而並行也。）
然：經言人受氣於谷。谷入於胃，乃傳於（一作與）五臟六腑，五臟六腑皆受於氣。（言受穀氣。）其清者為營，濁者為衛，營行脈中，衛行脈外，（營主血，故在脈之中。衛主氣，故在脈之外。《素問·痹論》云：「營者，水穀之精氣也，和調於五臟，灑陳於六腑，乃能入於脈也。
……衛者，水穀之悍氣也，其氣慓疾滑利，不能入於脈也。」）營周不息，五十而復大會。（五十，謂五十營也。詳見第一難中。）陰陽相貫，如環之無端，故知營衛相隨也。）
三十一難曰：三焦者，何稟何生？（稟，受也。）何始何終？（言其經之起止也。）其治常在何許？可曉以不？（治，猶縣治之治，其所居之地也。）
然：三焦者，水穀之道路，氣之所終始也。（此總釋三焦之義，言其所稟所生在水穀，而其所始所終在氣也。）上焦者，在心下，下膈，（膈，隔也。心下有膜，遮隔濁氣，謂之膈。）在胃上口，主內而不出。（內，謂納水穀也。）其治在膻中，玉堂下一寸六分，直兩乳間陷者是。
（膻中穴，屬任脈。下句是指膻中之所在，言在玉堂穴下一寸六分。直，當也。）中焦者，在胃中脘，（中院穴，亦屬任脈。）不上不下，主腐熟水穀。其治在臍旁。（臍旁，天樞穴也，屬胃脈。）下焦者，（一本有「在臍下」三字）當膀胱上口，（膀胱上口，闌門也。）主分別清濁，（清者入於膀胱而為溺，濁者入於大腸而為滓穢。
）主出而不內，以傳道也。其治在臍下一寸。（臍下一寸，名陰交穴，屬任脈。）故名曰三焦，其府在氣街。（府猶舍也，藏聚之義，言其氣藏聚於此也。滑氏《本義》以此句為錯簡，非。）
三十二難曰：五臟俱等，而心肺獨在鬲（一作膈，下同。）上者，何也？（在膈上，言其位獨高處於胸膈之上也。）
然：心者血，肺者氣。血為營，氣為衛，（《素·五臟生成論》云：「諸血者皆屬於心，諸氣者皆屬於肺」。蓋營行脈中，故血為營；衛行脈外，故氣為衛。）相隨上下，謂之營衛。（上下，謂五十度周於身也。說見第一難中。）通行經絡，營周於外，（通行經絡，言十二經無所不通，而周行於臟腑之外也。
）故令心肺獨在膈上也。（營衛為一身之統攝，而心肺主之，故獨居膈上以宰之也。）
三十三難曰：肝青象木，肺白象金。肝得水而沉，木得水而浮；肺得水而浮，金得水而沉。其意何也？（肝居肺下。故曰得水而沉；肺居肝上，故曰得水而浮。言肝既屬木，則當浮而反沉；肺既屬金，則當沉而反浮，與金木之本體不類，故設問也。）
然：肝者，非為純木也，乙角也，（木屬陽，乙為陰木，志在從金，故曰非純。角於五音亦屬木。）庚之柔。（庚為陽金，乙與庚合，剛柔相配，則乙之剛為庚，庚之柔為乙也。）大言陰與陽，小言夫與婦。（大而言之，即天地之陰陽，小而言之，，即人倫之夫婦，其理一也。
卷下
三十難
有人問：營氣的運行，是否常與衛氣相伴而行？（「相隨」指兩者相互配合、一同運行。）
回答：經典中提到，人體的精氣來自食物。食物進入胃後，傳輸至五臟六腑，使五臟六腑皆獲得滋養。（此處指接受食物的精氣。）其中清純的部分化為營氣，混濁的部分化為衛氣。營氣運行於脈中，衛氣運行於脈外。（營氣主掌血液，故在脈內；衛氣主掌氣，故在脈外。《素問·痹論》記載：「營氣是水穀的精氣，能調和五臟，散布於六腑，因而能進入脈中……衛氣是水穀的強悍之氣，其性質迅疾流利，無法進入脈中。」）營衛之氣循環不止，運行五十周後再次會合。（「五十」指五十營，詳見第一難。）陰陽之氣相互貫通，如圓環般無始無終，由此可知營衛之氣是相伴而行的。
三十一難
有人問：三焦承受什麼？如何生成？（「稟」指承受。）它的起點和終點在哪裡？（指經脈的起止。）其所在位置為何？能否說明？（「治」如同縣治的治，指其所在之處。）
回答：三焦是水穀運行的通道，也是氣機的起始與終結之處。（此處總述三焦的功能，說明其承受與生成皆源於水穀，而氣的運行始於此、終於此。）上焦位於心臟下方，橫膈之上（「膈」指隔膜，心臟下方的薄膜能阻隔濁氣），在胃的上口，負責攝入水穀而不外洩。（「內」指納入水穀。）其位置在羶中穴，即玉堂穴下一寸六分，兩乳之間凹陷處。（羶中穴屬任脈，後句描述其具體位置。）中焦位於胃的中脘（中脘穴也屬任脈），不上不下，主要功能是消化水穀。其位置在肚臍旁（天樞穴，屬胃經）。下焦（另有版本註明「在臍下」）位於膀胱上口（即闌門），負責區分清濁（清者進入膀胱形成尿液，濁者進入大腸成為廢物），主導排泄而不攝入，以傳導廢物。其位置在臍下一寸（陰交穴，屬任脈）。因此稱為三焦，其氣聚集於氣街。（「府」指居所，此處指氣機匯聚之處。滑壽《難經本義》認為此句為錯簡，但並非如此。）
三十二難
有人問：五臟本應平等，為何只有心肺位於橫膈之上？（指心肺位置較高，位於胸膈上方。）
回答：心主血，肺主氣。血為營氣，氣為衛氣（《素問·五臟生成論》記載：「所有血皆歸屬於心，所有氣皆歸屬於肺」）。營衛之氣相互伴隨，上下運行（「上下」指五十周循環全身，見第一難），貫通經絡，周流於體表（指十二經無所不通，且運行於臟腑之外）。因此，心肺獨居膈上以統攝營衛之氣（營衛為全身的調節系統，由心肺主導，故位居高位以主宰）。
三十三難
有人問：肝屬青色，象徵木；肺屬白色，象徵金。但肝遇水會下沈（木本應浮於水），肺遇水卻上浮（金本應沈於水），這是何故？（肝位於肺下方，故稱「得水而沈」；肺位於肝上方，故稱「得水而浮」。此處質疑肝肺屬性與五行特性不符。）
回答：肝並非純木，而是陰木「乙」（木屬陽，乙為陰木，其特性傾向與金配合，故非純木；「角」音亦屬木），與庚金相配（庚為陽金，乙庚相合，剛柔相濟，乙之剛為庚，庚之柔為乙）。廣義而言是陰陽關係，狹義而言如同夫婦（大至天地陰陽，小至人倫夫婦，道理相同）。