1三十六難
三十六難曰：臟各有一耳，腎獨有兩者，何也？
然：腎兩者，非皆腎也。其左者為腎。右者為命門。命門者，謂精神之所舍，原氣之所繫也；男子以藏精，女子以系胞。故知腎有二也。
腎有兩枚，左右各一，一主水，一主火，應乎升降之機也。命門者，以其為三焦之根，十二經元氣之海，藏精施化之具，系胞受孕之處，為人生命之原，故曰命門也。《靈樞·根結篇》、《素問·陰陽離合論》所謂太陽根起於至陰，結於命門。命門者，目也。此指太陽經終於睛明，睛明所夾之處為腦心，乃至命之穴，故曰命門，與此義不同。
然實指右腎為命門，恐未盡是，以氣脈論之，水升於左，火降於右，左右者，陰陽之道路，升降之樞機，越人診脈獨取寸口，以左尺候水，右尺候火，故左名腎，右名命門，其義或取乎此。
按：西醫言腎形如豆，色紫質堅，頗類豬羊之腎，左右兩枚，長約三寸，闊約寸半，厚約七八分，其重約三兩至四兩。人高腎大，人矮腎小，位在脊骨十二節間，周圍三焦脂膜包裹，腎中有油膜一條，貫於脊骨，名為腎系，下通網膜，又有氣管由肺而下，附脊循行，下入腎系，而透入網膜，達于丹田下焦之原。夫兩腎屬水，中間腎系屬火，即命門也。
《素問·刺禁論》云：七節之旁，中有小心者，即指命門言也。人與天地參，命門與太極相似，太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦，八卦生六十四卦，自命門生兩腎，兩腎生六臟六腑，六臟六腑生四肢百骸之類。故人之交媾，未有精聚，先有火會，是火為先天之本始，水為天一之真元，腎中之火，名曰相火，即坎中龍雷之火也。是一陽陷於二陰之中，乃成乎離，而位乎坎，即兩腎有命門之義也。
命門乃三焦之根，為相火之宅，相火布於三焦，即由命門始也。陳無擇謂有脂狀如手大，正與膀胱相對，有白脈自中出，夾脊而上貫於腦者，亦指三焦腎系而言也。越人獨取寸口診候，此相火生脾土，命門寄夫右尺，故作左為腎，右為命門以解之，亦水升於左，火降於右之義也。
三十六難
人體五臟通常各有一個，唯獨腎有兩個，這是為什麼？
其實，腎雖有兩枚，但並非都單純稱為「腎」。左邊的是腎，右邊的則是「命門」。命門是精神寄居之處，也是人體原氣的根源；男性在此儲藏精氣，女性則維繫胞宮（子宮）。因此可知腎有兩部分功能。
腎分左右兩枚，一主水，一主火，對應陰陽升降的機制。命門之所以重要，在於它是三焦的根源、十二經脈元氣的匯聚之地，兼具藏精與化育的功能，更是孕育生命的關鍵，故稱「命門」。《靈樞·根結篇》與《素問·陰陽離合論》提到「太陽經起始於至陰穴，終結於命門」，此處的命門指眼睛（睛明穴附近），與此處討論的右腎命門涵義不同。
若直接將右腎等同命門，可能不夠全面。從氣血運行來看，水氣升發於左，火氣沈降於右，左右象徵陰陽運行的路徑與樞紐。古代醫家診脈獨取寸口（手腕脈），左尺脈候腎水，右尺脈候命門火，因此左稱「腎」，右稱「命門」，其理或源於此。
現代醫學描述腎臟形如豆，色紫質堅，類似豬羊的腎臟，左右各一，長約三寸，寬一寸半，厚七八分，重三至四兩。腎臟大小因人而異，位於脊椎第十二節兩側，周圍由三焦脂膜包裹。腎內有一條油膜連接脊椎，稱為「腎系」，向下延伸至網膜；另有氣管從肺沿脊椎下行，通過腎系進入網膜，最終抵達下焦丹田。兩腎屬水，中間的腎系屬火，此火即命門。
《素問·刺禁論》提到「第七節旁有小心」，即指命門。人體與天地相應，命門如同太極，太極生兩儀（陰陽），兩儀生四象，四象化萬物。命門生兩腎，兩腎衍生五臟六腑，進而生成四肢百骸。因此，男女交合時，精氣凝聚前必先有命門之火相會，此火為生命本源，腎中相火（坎卦中的龍雷之火）即一陽潛藏於二陰之間，形成水火既濟之態，此即兩腎涵蓋命門的深意。
命門是三焦的根基，相火的居所，相火通過三焦布散全身，皆始於命門。宋代醫家陳無擇描述命門形如手掌大的脂膜，正對膀胱，有白脈從中延伸，沿脊椎上達腦部，即指三焦與腎系。古代醫家以寸口脈診斷，因相火生脾土，故將命門歸於右尺脈，左為腎、右為命門，亦符合「水升左、火降右」的陰陽之理。
2三十七難
三十七難曰：五臟之氣，於何發起，通於何許，可曉以不？
然：五臟者，當上關於九竅也。故肺氣通於鼻，鼻和則知香臭矣；肝氣通於目，目和則知黑白矣；脾氣通於口，口和則知穀味矣；心氣通於舌，舌和則知五味矣；腎氣通於耳，耳和則知五音矣。
此節乃《靈樞·脈度篇》文，稍有增易，大意謂五臟和則七竅通，不和則七竅不通。經言上閱七竅，此言九竅，當是簡誤。若潔古認真九竅，添「三焦之氣通於喉，喉和則聲鳴矣」二句，未免蛇足。謝氏曰：本篇問五臟之氣，於何發起，通於何許，答文止言五臟通九竅之義，而不及五臟之起發，恐有缺文。
五臟不和，則九竅不通，六腑不和，則留結為癰。
五臟神氣之所舍，不和則氣不得上達，故七竅不通。若六腑不和，則血氣留滯於皮腠，有形之物，積聚而為癰矣。此結上起下之辭也。
邪在六腑；則陽脈不和，陽脈不和，則氣留之，氣留之則陽脈盛矣。邪在五臟，則陰脈不和，陰脈不和，則血留之，血留之則陰脈盛矣。陰氣太盛，則陽氣不得相榮也，故曰格。陽氣太盛，則陰氣不得相榮也，故曰關。陰陽相盛，不得相榮也，故曰關格。關格者，不得盡其命而死矣。
陽邪中於六腑，則陽脈不和，陽脈不和，則氣壅而邪實，邪實則不和之脈轉而盛矣。陰邪中於五臟，則陰脈不和，陰脈不和，則血滯而邪實，邪實則不和之脈轉而盛矣。陰陽之脈俱盛，則成關格之證死矣。此亦《靈樞·脈度篇》文，惟「關格」二字，與經文相反，當是錯簡。若夫覆溢關格之脈證，可與三難參觀。
按：《靈樞·脈度篇》曰：陰氣太盛，陽氣不能榮，故曰關。陽氣太盛，陰氣不能榮，故曰格。終始篇曰：人迎四盛，且大且數，名曰溢陽，溢陽為外格。脈口四盛，且大且數，名曰溢陰，溢陰為內關。《素問·六節臟象論》曰：人迎四盛以上為格陽，寸口四盛以上為關陰。
仲景《傷寒論》云：寸口脈浮而大，浮為虛，大為實，在尺為關，在寸為格。斯皆以陰氣盛為關，陽氣盛為格，故知此節「關格」二字倒置，為錯簡也。
經言氣獨行於五臟，不榮於六腑者，何也？
然：夫氣之所行也，如水之流，不得息也。故陰脈榮於五臟，陽脈榮於六腑，如環之無端，莫知其紀，終而復始，其不覆溢，人氣內溫於臟腑，外濡於腠理。
滑氏曰：此因上章「營」字之意，而推及之也。亦《靈樞》十七篇文，大同小異。所謂氣行於五臟，不營六腑者，非不營行六腑，謂在陰經，則營於五臟，在陽經，則營於六腑。脈氣周流，如環無端，則無關格覆溢之患，而人氣內得以溫於臟腑，外得以濡於腠理矣。
三十七難
五臟之氣從何處產生？又通達於何處？可以明白解釋嗎？
五臟之氣向上與九竅相通。因此：
- 肺氣通於鼻，鼻功能正常則能辨別香臭；
- 肝氣通於目，目功能正常則能分辨黑白；
- 脾氣通於口，口功能正常則能感知食物味道；
- 心氣通於舌，舌功能正常則能辨別五味；
- 腎氣通於耳，耳功能正常則能識別五音。
此段內容出自《靈樞·脈度篇》，略有增改，大意是五臟調和則七竅通暢，不調則七竅不通。原文提到「七竅」，此處寫「九竅」，可能是簡誤。若強解為九竅，並添加「三焦之氣通於喉，喉和則聲鳴矣」兩句，反而顯得畫蛇添足。謝氏認為，此篇問五臟之氣的起源與通達之處，但答覆僅說明五臟與九竅的關係，未提及五臟之氣的起源，可能有缺漏。
五臟不調，則九竅不通；六腑不調，則氣血滯留形成癰瘡。
五臟為神氣所在，若不調和，氣無法上達，故七竅不通。若六腑不調，血氣停滯於皮肉之間，有形之物積聚而成癰瘡。此為承接上文、啟發下文的論述。
邪氣在六腑，則陽脈不調，陽脈不調則氣滯，氣滯則陽脈亢盛；邪氣在五臟，則陰脈不調，陰脈不調則血滯，血滯則陰脈亢盛。陰氣過盛，陽氣無法與之平衡，稱為「格」；陽氣過盛，陰氣無法與之平衡，稱為「關」。陰陽俱盛，無法相互調和，稱為「關格」。關格者，無法盡享天年而亡。
陽邪侵犯六腑，則陽脈不調，陽脈不調則氣壅塞而邪實，邪實則不調之脈轉為亢盛；陰邪侵犯五臟，則陰脈不調，陰脈不調則血滯留而邪實，邪實則不調之脈轉為亢盛。陰陽之脈皆亢盛，則形成關格之證而致死。此段亦出自《靈樞·脈度篇》，但「關格」二字與原文相反，應是錯簡。關於關格脈證的詳細討論，可參考《難經·三難》。
《靈樞·脈度篇》記載：「陰氣過盛，陽氣無法調和，稱為關；陽氣過盛，陰氣無法調和，稱為格。」《終始篇》提到：「人迎脈四倍盛於平常，且大且快，稱為溢陽，溢陽為外格；寸口脈四倍盛於平常，且大且快，稱為溢陰，溢陰為內關。」《素問·六節臟象論》也說：「人迎脈四倍以上為格陽，寸口脈四倍以上為關陰。」
張仲景《傷寒論》指出：「寸口脈浮而大，浮為虛，大為實，在尺部為關，在寸部為格。」這些皆以陰氣盛為關，陽氣盛為格，因此可知此處「關格」二字顛倒，應為錯簡。
問：經文提到氣僅運行於五臟，不滋養六腑，這是為何？
答：氣的運行如同水流，永不停息。陰脈滋養五臟，陽脈滋養六腑，循環往復無始無終，無固定規律。氣血運行不逆亂，則人體內可溫養臟腑，外可潤澤肌膚腠理。
滑氏解釋：此段延續前文「營」字的意涵，進一步推論。內容與《靈樞》第十七篇相似。所謂「氣行於五臟，不營六腑」，並非完全不運行於六腑，而是指陰經之氣主營五臟，陽經之氣主營六腑。脈氣循環不息，則無關格、逆亂之患，人體之氣得以內溫臟腑、外潤腠理。