1瘧論
（按：前言陰陽更勝則為寒為熱，此則推原瘧之所以為病也。榮主血，衛主氣。血屬陰，舍於內；氣屬陽，行於外。靈樞經言：「衛氣者，所以溫分肉，充皮膚，肥腠理，司關闔者也。」邪氣中人，必依衛氣而後發者，正以衛氣運會夫一身，衛氣循經外達，邪隨之而發也。此氣，邪氣也。
衛氣一日一夜運行於周身，邪氣隨之而出入，故每日一發。）
帝曰：其間日而作者，何也？岐伯曰：其氣之舍深，內薄於陰，陽氣獨發，陰邪內著，陰與陽爭不得出，是以間日而作也。（按：邪入於陰愈深，則去陽愈遠，及其返外而與衛氣相應也，已多一日矣，故間日發也。）
帝曰：善！其作日晏與其日早者，何氣使然？岐伯曰：邪氣客於風府，循膂而下。（風府穴在項上，入髮際一寸，大筋內宛宛中。膂謂脊兩旁。）衛氣一日一夜大會於風府，其明日日下一節，故其作也晏。此先客於脊背也，每至於風府則腠理開，腠理開則邪氣入，邪氣入則病作，以此日作稍益晏也。（節，脊骨之節。
然邪氣遠則逢會遲，故發暮也。按：此言瘧發早晏，似以骨節之上下為次。其實元氣虛陷，發必日遲，是則日下一節者，未必非正氣漸虛之故也。）其出於風府，日下一節，二十五日下至骶骨，二十六日入於脊內，注於伏膂之脈，其氣上行，九日出於缺盆之中，其氣日高，故作日益早也。
（項以下至尾骶凡二十四節，故日下一節，二十五日下至骶骨，二十六日入於脊內，注於伏膂之脈也。伏膂之脈者，謂膂筋之間，腎脈之伏行者也。腎之脈循股內後廉，貫脊屬腎。其直行者，從腎上貫肝膈，入肺中。以其貫脊，又不正應行穴，但循膂伏行，故謂之伏膂脈。以腎脈貫脊屬腎，上入肺中。
肺者，缺盆為之道。陰氣之行速，故其氣上行，九日出於缺盆之中。按：脊骨本二十一節，日下一節，止應二十二日，下至骶骨止應二十三日，而王本各多三日者，蓋連項骨三節而言也。全元起及甲乙、太素並作二十一、二十二日，是止照脊骨本數而言，其實初非有異也。）
其間日發者，由邪氣內薄於五臟，橫連募原也，其道遠，其氣深，其行遲，不能與衛氣俱行，不得皆出，故間日乃作也。（按：衛氣一日一周，而邪入既深，故不能與衛俱行也。募原者，膈膜之原。邪之所入深而且廣，故曰橫連也。募，全元起作膜，太素、巢元方並同，舉痛論亦作膜原。）
帝曰：夫子言衛氣每至於風府，腠理乃發，發則邪氣入，入則病作。今衛氣日下一節，其氣之發也，不當風府，其日作者奈何？岐伯曰：（按，新校正云：「按全元起本及甲乙經、太素，自『此邪氣客於頭項』至下『則病作故』，八十八字並無。」）此邪氣客於頭項，循膂而下者也。
《瘧論》：
（前言提到陰陽相互勝負會導致寒熱變化，此處進一步解釋瘧疾發病的原理。營氣主管血液，衛氣主管氣機。血屬陰，藏於體內；氣屬陽，運行於體表。《靈樞經》指出：「衛氣能溫暖肌肉、充養皮膚、滋潤腠理、掌管開闔。」邪氣侵襲人體時，需依附衛氣才能發作，因衛氣遍布全身，當衛氣循經絡向外運行，邪氣便隨之發病。此處的「氣」指的是邪氣。）
黃帝問：「有些瘧疾隔日發作，為什麼？」岐伯答：「這是因邪氣停留體內較深處，內迫陰分，陽氣獨自發作時，陰邪仍深伏體內，陰陽相爭而邪氣無法透出，所以隔日才發作。」（邪氣深入陰分越深，離陽分越遠，待其返回體表與衛氣相應時，已多耗費一日，故隔日發作。）
黃帝說：「說得好！那瘧疾發作時間有早晚差異，又是什麼原因？」岐伯解釋：「邪氣最初停留於風府穴（位於後頸髮際上一寸，大筋內凹陷處），沿脊椎向下傳導。衛氣每日環繞全身後會聚於風府，但次日邪氣會下移一節脊椎，因此發作時間逐漸推遲。這是因邪氣先侵犯脊背，每當衛氣行至風府時腠理開洩，邪氣趁虛而入引發病症，故發作時間日漸延後。」（脊椎骨的節段向下移動，邪氣距離衛氣會合處愈遠，發作時間便愈晚。雖看似與骨節位置相關，實則反映正氣漸虛，導致發作日趨延遲。）
邪氣從風府起始，每日下移一節，二十五日後抵達尾骶骨，二十六日深入脊內，注入「伏膂脈」（腎經沿脊骨內側的深層分支）。此後邪氣轉而向上，九日後上行至缺盆（鎖骨上窩），因邪氣位置逐日升高，故發作時間日益提前。（脊椎共二十四節，含頸椎三節。另有醫書記載為二十一節，差異在於是否計入頸椎。）
至於隔日發作的瘧疾，是因邪氣內迫五臟，廣泛連及膜原（臟腑間的膈膜組織）。因邪氣深入、行進遲緩，無法與日行一週的衛氣同步透出，故需隔日才能發作。