原文
命門之義，《內經》本無，惟越人云：腎有兩者，非皆腎也。左者為腎，右者為命門。命門者，諸神精之所舍，原氣之所繫，男子以藏精，女子以系胞也。余以其義有未盡，且有可疑，故著有《三焦包絡命門辨》，附梓《類經》之末，似已盡其概矣。然而猶有未盡者，恐不足以醒悟後人。茲因再悉其蘊，條列於下。
命門的意義，《內經》原本沒有，只有越人說：腎有兩個，並非都是腎。左邊的是腎，右邊的是命門。命門，是精神所居住的地方，元氣所維繫之處，男子用來儲藏精，女子用來維繫子宮。我認為這個說法有不夠完備的地方，而且有可疑之處，所以撰寫了《三焦包絡命門辨》，附在《類經》的末尾刊印，似乎已經說明了大概。然而還有未盡之處，恐怕不足以啟發後人。因此再詳細闡述其中的深意，條列在下面。
原文
一、命門為精血之海，脾胃為水穀之海，均為五臟六腑之本。然命門為元氣之根，為水火之宅。五臟之陰氣，非此不能滋。五臟之陽氣，非此不能發。而脾胃以中州之土，非火不能生，然必春氣始於下，則三陽從地起，而後萬物得以化生。豈非命門之陽氣在下，正為脾胃之母乎？吾故曰：脾胃為灌注之本，得後天之氣也；命門為化生之源，得先天之氣也，此其中固有本末之先後。觀東垣曰：補腎不若補脾。
一、命門是精血的海洋，脾胃是水穀的海洋，都是五臟六腑的根本。然而命門是元氣的根基，是水火的宅舍。五臟的陰氣，沒有命門就不能滋養；五臟的陽氣，沒有命門就不能生發。而脾胃作為中焦的土臟，沒有火就不能生長，但必須春天的陽氣從下面開始，那麼三陽之氣從地上升起，之後萬物才能化生。難道不是命門的陽氣在下，正是脾胃的母親嗎？所以我說：脾胃是灌注營養的根本，得自後天之氣；命門是化生氣血的本源，得自先天之氣，這裡面本來就有本末的先後。看李東垣說：補腎不如補脾。
原文
許知可曰：補脾不若補腎。此二子之說，亦各有所謂，固不待辨而可明矣。
許知可說：補脾不如補腎。這兩位醫生的說法，各自都有道理，本來不需要辯論就可以明白。
原文
一、命門有火候，即元陽之謂也，即生物之火也。然稟賦有強弱，則元陽有盛衰；陰陽有勝負，則病治有微甚，此火候之所以宜辨也。茲姑以大綱言之，則一陽之元氣，必自下而升，而三焦之普𮑮，乃各見其候。蓋下焦之候如地土，化生之本也；中焦之候如灶釜，水穀之爐也；上焦之候如太虛，神明之宇也。下焦如地土者，地土有肥瘠而出產異，山川有厚薄而藏蓄異，聚散操權，總由陽氣。
一、命門有火候，就是所謂的元陽，也就是生物之火。然而人的稟賦有強有弱，所以元陽有盛有衰；陰陽有勝有負，所以疾病的治療有輕有重，這就是火候必須分辨的原因。現在先以大概綱要來說，那一陽的元氣，必定從下面升起，而三焦普遍分布，各自顯現其證候。大體來說，下焦的證候如同土地，是化生萬物的根本；中焦的證候如同灶鍋，是消化水穀的爐子；上焦的證候如同天空，是精神思維的住所。下焦如同土地，土地有肥沃貧瘠的不同而產物各異，山川有深厚淺薄的不同而蘊藏各異，聚集與分散的權衡，總是由陽氣主宰。
原文
人於此也，得一分即有一分之用，失一分則有一分之虧。而凡壽夭生育及勇怯精血病治之基，無不由此元陽之足與不足，以為消長盈縮之主，此下焦火候之謂也。中焦如灶釜者，凡飲食之滋，本於水谷，食強則體壯，食少則身衰，正以胃中陽氣，其熱如釜，使不其然，則何以朝食午即化，午食申即化，而釜化之速不過如此。觀灶釜之少一炬則遲化一頃，增一炬則速化一時，火力不到，則全然不化，即其證也。
人在這方面，得到一分就有一分的功用，失去一分就有一分的虧損。而凡是壽命長短、生育能力以及勇氣怯弱、精血狀況、疾病治療的基礎，無不由這元陽的充足與否，作為消長盈縮的主宰，這就是所謂的下焦火候。中焦如同灶鍋，凡是飲食的滋養，來源於水穀，食量大則身體強壯，食量小則身體衰弱，正是因為胃中的陽氣，其熱度如同鍋釜，如果不是這樣，那麼為什麼早上吃的飯中午就消化，中午吃的飯下午就消化，而鍋釜消化的速度也不過如此。觀察灶鍋，少一把火就延遲消化一會兒，多加一把火就加快消化一段時間，火力達不到，就完全不消化，這就是明證。
原文
故脾胃之化與不化，及飲食之能與不能，亦總由陽明之氣有強與不強，而陰寒之邪有犯與不犯耳。及其病也，則漸痞漸脹，或隔或嘔，或十化其三五，或膨聚而不消，或吞酸噯腐而食氣不變，或腹疼肚痛而終日不飢，或清濁不分，或完穀不化。蓋化則無不運行，不化則無不留滯。
所以脾胃能否消化，以及飲食能否正常運化，也總是由於陽明之氣強與不強，以及陰寒之邪有沒有侵犯罷了。等到生病的時候，就會逐漸痞塞脹滿，或食道阻塞、或嘔吐，或只能消化十分之三、五，或腹中膨脹積聚而不消化，或吞酸噯腐而食物的氣味不變，或腹痛肚痛而整日不覺得饥饿，或大便清濁不分，或完穀不化。因為能消化就沒有不運行通暢的，不能消化就沒有不停留積滯的。
原文
運行則為氣為血，留滯則為積為痰。此其故，謂非胃氣之不健乎？而何以不健，謂非火候之無力乎？今見治痞治脹，及治吞酸噯腐等症，無論是熱非熱，動輒呼為胃火，餘燼其幾，尚能堪否？此中焦火候之謂也。上焦如太虛者，凡變化必著於神明，而神明必根於陽氣。蓋此火生氣，則無氣不至，此火化神，則無神不靈。
運行通暢就化為氣血，停留積滯就形成積聚痰飲。這其中的緣故，能說不是胃氣不健康嗎？而為什麼不健康，能說不是火候無力嗎？現在看到治療痞滿脹滿，以及治療吞酸噯腐等病症，無論是熱證還是非熱證，動不動就稱之為胃火，胃中僅存的幾絲陽氣，還能承受得了嗎？這就是所謂的中焦火候。上焦如同天空，凡是變化必定顯現於精神，而精神必定根源於陽氣。因為這火能產生氣，就沒有氣達不到的地方；這火能化生精神，就沒有精神不靈敏的。
原文
陽之在下則溫暖，故曰：相火以位，陽之在上則昭明，故曰君火以明。是以陽長則陰消，而離照當空。故五官治而萬類盛，陽衰則陰勝，而陽為陰抑，故聰明奪而神氣減。而凡人之聲色動定及智愚賢不肖之有不齊者，何非陽德為之用，此上焦火候之謂也。此以三焦論火候，則各有所司，而何以皆歸之命門？不知水中之火，乃先天真一之氣，藏於坎中，此氣自下而上，與後天胃氣相接而化，此實生生之本也。是以花萼之榮在根柢，灶釜之用在柴薪。
陽氣在下則溫暖，所以說：相火在其本位；陽氣在上則光明，所以說：君火主於照明。因此陽氣增長則陰氣消退，就像太陽照耀天空。所以五官功能正常而萬物興盛，陽氣衰弱則陰氣勝出，而陽氣被陰氣壓抑，所以聰明才智被剝奪而精神氣力減少。而凡是人的聲音、容貌、動作、靜止以及智慧、愚笨、賢能、不肖有種種不同，哪個不是陽氣的作用呢？這就是所謂的上焦火候。這裡以三焦來論述火候，則各有其職責，但為什麼都歸結於命門呢？不知道水中的火，乃是先天真一之氣，潛藏於坎卦之中，這股氣從下而上，與後天的胃氣相接而化生，這實際上是生生不息的根本。所以花朵的繁榮在於根莖，灶鍋的功用依賴於柴薪。
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