原文
一、《神農本草》三卷，三百六十種，分上、中、下三品。梁陶弘景增藥一倍，隨品附入。唐、宋重修，各有增附，或並或退，品目雖存，舊額淆混，義意俱失。今通列一十六部為綱，六十類為目，各以類從。三品書名，俱注各藥之下，一覽可知，免尋索也。
一、《神農本草經》三卷，收錄三百六十種藥物，分為上、中、下三品。梁朝陶弘景增加了一倍的藥量，依附在各品之下。唐朝、宋朝重新修訂，各有增加附錄，有時合併有時刪減，雖然品目仍然存在，但舊有的條目混亂，意義都失去了。現在總共列出一十六部作為綱領，六十類作為細目，各按類別歸屬。三品的書名，都註記在各藥之下，一看就能明白，避免搜尋。
原文
一、舊本玉、石、水、土混同，諸蟲、鱗、介不別，或蟲入木部，或木入草部。今各列為部，首以水、火，次之以土，水、火為萬物之先，土為萬物母也。次之以金、石，從土也。次之以草、谷、菜、果、木，從微至巨也。次之以服、器，從草、木也。次之以蟲、鱗、介、禽、獸，終之以人，從賤至貴也。
一、舊版本中玉石、水、土混雜在一起，各種蟲、鱗、介類沒有分別，有的蟲類歸入木部，有的木類歸入草部。現在各自列為一部，首先是水、火，其次是土，水、火是萬物的先導，土是萬物的母親。其次是金、石，跟從土。其次是草、穀、菜、果、木，從微小到巨大。其次是服飾、器物，跟從草、木。其次是蟲、鱗、介、禽、獸，最後是人，從低賤到高貴。
原文
一、藥有數名，今古不同。但標正名為綱，余皆附於釋名之下，正始也。仍注各本草名目，紀原也。
一、藥物有很多名稱，古今不同。只標出正名作為綱領，其餘都附在釋名之下，這是為了正定起始。仍舊注明各本草的名目，這是為了記錄淵源。
原文
一、唐、宋增入藥品，或一物再出、三出，或二物、三物混注，今俱考正，分別歸併，但標其綱，而附列其目。如標龍為綱，而齒、角、骨、腦、胎、涎皆列為目；標粱為綱，而赤、黃粱米皆列為目之類。
一、唐朝、宋朝增加的藥品，有時候一種藥物重複出現兩次、三次，有時候兩種、三種藥物混合註釋，現在都加以考證訂正，分別歸類合併，只標出它的綱領，而附列它的細目。例如標示龍作為綱，而龍齒、龍角、龍骨、龍腦、龍胎、龍涎都列為目；標示粱作為綱，而赤粱米、黃粱米都列為目之類。
原文
一、諸品首以釋名，正名也；次以集解，解其出產、形狀、採取也；次以辨疑、正誤，辨其可疑，正其謬誤也；次以修治，謹炮炙也；次以氣味，明性也；次以主治，錄功也；次以發明，疏義也；次以附方，著用也；或欲去方，是有體無用矣（舊本附方二千九百三十五，今增八千一百六十一）。
一、各種藥品首先有「釋名」，是為了正定名稱；其次是「集解」，解釋它的出產、形狀、採收；其次是「辨疑、正誤」，辨別可疑之處，糾正錯誤；其次是「修治」，謹慎炮炙；其次是「氣味」，明確藥性；其次是「主治」，記錄功效；其次是「發明」，闡述義理；其次是「附方」，表明用途；如果想要刪除藥方，就是有體而無用了（舊版本附方有二千九百三十五個，現在增加八千一百六十一個）。
原文
一、唐、宋以朱墨圈蓋分別古今，經久訛謬。今既板刻，但直書諸家本草名目於藥名、主治之下，便覽也。
一、唐朝、宋朝用朱筆和墨筆圈點標示來區分古今，時間久了產生錯誤。現在既然是用木板雕刻，就直接書寫各家本草的名目在藥名、主治之下，便於閱覽。
原文
一、諸家本草，重複者刪去，疑誤者辨正，採其精粹，各以人名，書於諸款之下，不沒其實，且是非有歸也。
一、各家本草，重複的刪去，可疑錯誤的辨別訂正，採取其精華，各自以人名寫在各種條款之下，不埋沒其實際貢獻，而且是非有所歸屬。
原文
一、諸物有相類而無功用宜參考者，或有功用而人卒未識者，俱附錄之。無可附者，附於各部之末。蓋有隱於古而顯於今者，如莎根即香附子，陶氏不識而今則盛行；闢虺雷，昔人罕言而今充方物之類，雖冷僻，不可遺也。
一、各種物品有相類似但沒有功效宜於參考的，或者有功效但人們始終未能認識的，都附錄在書中。沒有地方可附錄的，附在各部的最後面。大概有在古代隱藏而在現代顯現的，例如莎草根就是香附子，陶弘景不認識而現在則盛行；闢虺雷，古代人很少說而現在充當方物之類，雖然冷門偏僻，也不可遺漏。
原文
一、唐、宋本所無，金、元、我明諸醫所用者，增入三十九種。時珍續補三百七十四種。雖曰醫家藥品，其考釋性理，實吾儒格物之學，可裨《爾雅》、《詩疏》之缺。
一、唐朝、宋朝版本所沒有的，金朝、元朝、明朝各位醫生所使用的，增加收入三十九種。李時珍續補三百七十四種。雖然說是醫家藥品，但其考證解釋性理，實在是我們儒者格物之學，可以補充《爾雅》、《詩經注疏》的缺漏。
原文
一、舊本序例重繁，今止取神農為正，而旁採《別錄》諸家附於下，益以張、李諸家用藥之例。
一、舊版本的序例重複繁雜，現在只取《神農本草經》作為正統，而旁採《名醫別錄》等各家附在下面，增加張元素、李杲等各位醫家用藥的範例。
原文
一、古本百病主治藥，略而不切。王氏《集要》、祝氏《證治》，亦約而不純。今分病原列之，以便施用，雖繁不紊也。
一、古版本中百病主治藥，簡略而不切實際。王節齋的《本草集要》、祝氏的《證治本草》，也簡約而不純粹。現在分病原列出它們，以便使用，雖然繁多但不紊亂。
一、《神農本草經》舊的目錄以及宋代版本總目，附在凡例之後，以保存古本風貌。
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