1三十九難
三十九難曰：經言腑有五，臟有六者，何也？
然：六腑者，止有五腑也。五臟亦有六臟者，謂腎有兩臟也。其左為腎，右為命門。命門者，謂精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通，故言臟有六也。腑有五者，何也？
然：五臟各一腑，三焦亦是一腑，然不屬於五臟，故言腑有五焉。
經言腑五臟有六，無考，不知所出。又以三焦不附於臟，故不名為腑，雖有六腑，只五腑也。臟亦有六者，以右腎命門，指為一臟也，然腎雖有兩，而左右之氣相通，實皆腎而已，恐不得分為兩臟。命門辨說，已詳言三十六難注中，可參合而觀之。
按：五臟五腑，以合五行，肺合大腸，金也；肝合膽，木也；腎合膀胱，水也；心合小腸，火也；脾合胃，土也。手厥陰，包絡，即心外之衣，為心主之宮城，手少陽三焦，乃腔內脂膜，為臟腑之郛郭，同司相火而相合，是六臟六腑，以應夫十二經脈也。若以腎分為兩臟，則為七臟矣。
《靈樞·本輸篇》腎合膀胱，膀胱者，津液之腑也。少陽屬腎，腎上連肺，故將兩臟。三焦者，中瀆之腑也，水道出焉，屬膀胱，是孤之腑也。經言腎將兩臟者，以腎兼主水火二氣也。
少陽三焦之脈，散於胸中，而腎脈亦上連於肺，肺為天而主氣，三焦之下俞，屬於膀胱，而膀胱為津液之腑，乃腎之合，三焦主相火，生於腎而遊行於上下，膀胱主水，亦生於腎，蓋以水臟而領水腑也。然膀胱之氣，化津化液化汗，皆三焦相火蒸騰所致。夫天一之水，地二之火，皆腎所生，合而論之是太極，分而論之猶兩儀。
故本藏篇曰：腎合三焦膀胱，三焦膀胱者，腠理毫毛其應，即此義也。且腎雖兼將兩臟，實陰陽相貫，水火互交，並主藏精，而為生氣之原，不得謂三焦無形，分腎為兩臟明矣。
《三十九難》
有人問：醫經上說人體有五腑六臟，這是為什麼？
回答：所謂六腑實際上只有五腑。五臟卻有六臟的說法，是因為腎臟分為左右兩臟——左為腎，右為命門。命門是儲藏精神的地方，男性在此藏精，女性在此維繫子宮，其氣與腎相通，所以說有六臟。至於腑只有五腑，是因為五臟各對應一腑，三焦雖也算一腑，但不專屬任何一臟，因此說五腑。
醫經記載的五腑六臟說法無從考證。由於三焦不依附於特定臟器，不被完全視為腑，所以雖有六腑之名，實際只有五腑。六臟之說則是將右腎命門單獨算作一臟，但左右腎氣相通，本質上同屬腎臟，不應強行分為兩臟。關於命門的詳細討論可參考《三十六難》注釋。
補充說明：五臟五腑對應五行——肺與大腸屬金，肝與膽屬木，腎與膀胱屬水，心與小腸屬火，脾與胃屬土。心包絡如同心臟的外衛，三焦則是體內脂膜系統，共同主司相火而配合，形成六臟六腑以對應十二經脈。若將腎分為兩臟，則會出現七臟的矛盾。
《靈樞》記載腎統管膀胱（水液之腑）與三焦（水道之腑）。三焦經脈散布胸中，腎脈上連主氣的肺臟，三焦下通膀胱，形成水液代謝系統。腎同時主導水火二氣：三焦相火源於腎而周流全身，膀胱水液亦由腎調控。腎氣通過三焦蒸化水液形成汗津，體現水火既濟的太極原理。
因此《本藏篇》說腎統合三焦膀胱系統，共同主司體表腠理功能。雖然腎兼管水火兩系，實則陰陽互根，共同藏精生氣，不能因三焦無形就將腎臟強行分割為兩臟。
2四十難
四十難曰：經言肝主色，心主臭，脾主味，肺主聲，腎主液。鼻者肺之候，而反知香臭；耳者腎之候，而反聞聲。其意何也？
然：肺者，西方金也，金生於巳，巳者，南方火也，火者心，心主臭，故令鼻知香臭；腎者，北方水也，水生於申，申者，西方金，金者肺，肺主聲，故令耳聞聲。
此五主，《素》《靈》無考，是摭古醫經者。陳氏曰：臭者心所主，鼻者肺之竅，心之脈上肺，故令鼻能知香臭也。耳者腎之竅，聲者肺所主，腎之脈上肺，故令耳能聞聲也。或謂此以五行長生之法推之，木長生於亥，火長生於寅，金長生於巳，水長生於申。心主臭，火也，肺開竅於鼻而有己火，故能知臭。
肺主聲，金也，腎水開竅於耳，而內有申金，故能聞聲。
四十難
中醫經典提到：肝主掌色覺，心主掌嗅覺，脾主掌味覺，肺主掌聽覺，腎主掌體液。然而，鼻子本是肺的外在表現，卻能辨別香臭；耳朵本是腎的外在表現，卻能聽見聲音。這是什麼道理？
解釋如下：
肺屬西方金，而金的「長生」位在巳（南方火），火對應心，心主掌嗅覺，因此鼻子能辨別香臭。腎屬北方水，而水的「長生」位在申（西方金），金對應肺，肺主掌聽覺，因此耳朵能聽見聲音。
這五臟與感官的對應關係，在《素問》《靈樞》中未有明確記載，應是取自更早的醫經。陳氏進一步說明：嗅覺由心主導，而鼻是肺的孔竅，心的經脈上行至肺，所以鼻子能辨別香臭。耳朵是腎的孔竅，聽覺由肺主導，腎的經脈上行至肺，因此耳朵能聽見聲音。
另有觀點以五行「長生」理論解釋：木長生於亥，火長生於寅，金長生於巳，水長生於申。心主嗅覺屬火，肺開竅於鼻，而鼻中蘊含巳火（金之長生），故能感知氣味。肺主聽覺屬金，腎開竅於耳，而耳中蘊含申金（水之長生），故能聽見聲音。
3四十一難
四十一難曰：肝獨有兩葉，以何應也？
然：肝者，東方木也，木者，春也。萬物之始生，其尚幼小，意無所親，去太陰尚近，離太陽不遠，猶有兩心，故有兩葉，亦應木葉也。
肝有兩葉，應東方之木，木者春也，萬物始生之初，草木甲坼，皆兩葉，乃木之本體，故肝與之相應也。《素問·六節藏象論》言心為陽中之太陽，腎為陰中之太陰，腎水為肝之母，心火為肝之子，肝為陰中之陽，居腎之上，心之下，故云尚近不遠也。無親，謂不專屬。猶有兩心，言或從乎陽，或從乎陰也。
四十一難
肝臟為何唯獨有兩葉？這是與什麼相應呢？
肝屬東方木，木對應春季。萬物初生時，尚且幼小，尚未完全依附於陰或陽，距離太陰（腎水）較近，但離太陽（心火）也不遠，因此具有雙重傾向，所以肝有兩葉，這也與樹木的葉子（初生時多為兩葉）相應。
肝的兩葉對應東方木行，木代表春季，是萬物萌發的階段。草木初生時，種皮裂開，大多長出兩片嫩葉，這是木的本質特徵，因此肝臟與之相應。《素問·六節藏象論》提到，心是陽中的太陽，腎是陰中的太陰。腎水為肝之母，心火為肝之子，肝屬陰中之陽，位於腎之上、心之下，所以說它「離太陰不遠，距太陽亦近」。「無所親」指不專屬一方；「猶有兩心」則表示肝的性質可偏向陽（心火），亦可偏向陰（腎水）。